Nidovirales - Nidovirales

Nidovirales
מיקרוגרף אלקטרונים של חלקיקי נגיף נאם דין מוכתמים באופן שלילי
מחזור חיים של נידו-וירוסים
סיווג וירוסים ה
(לא מדורג):נגיף
תְחוּם:ריבוביריה
מַלְכוּת:אורטורנאווירה
מַעֲרָכָה:Pisuviricota
מעמד:Pisoniviricetes
להזמין:Nidovirales

Nidovirales הוא סדר של עָטוּף, נגיפי RNA חיוביים אשר מדביקים בעלי חוליות ו חסרי חוליות. אורגניזמים מארחים כוללים יונקים, ציפורים, זוחלים, דו-חיים, דג, פרוקי רגליים, רכיכות, ו helminths.[1] הצו כולל את המשפחות Coronaviridae, Arteriviridae, Roniviridae, ו Mesoniviridae.[2]

חבר וירוסים יש מעטפה ויראלית ו חוש חיובי, חד-גדילי גנום RNA שהוא מכוסה ו מרובד.[3] Nidoviruses נקראים על שם הלטינית נידו, כלומר קן, שכן כל הנגיפים בסדר זה מייצרים קבוצה מקוננת של 3 ' mRNAs תת-גנומיים במהלך ההדבקה.[4]

וירולוגיה

השוואה בין גנום ו פרוטאומים של משפחות שונות של נידו-וירוסים

הסדר Nidovirales מורכב מוירוסים שיש להם חוש חיובי, גנום RNA חד-גדילי. הנגיפים שייכים לקבוצה IV של מערכת סיווג בבולטימור. כגנום בעל חוש חיובי, הנגיפים יכולים להשתמש בכמה חלבוני תאים מארחים במהלך שכפול וביטוי גנים המתרחש בציטופלזמה של התא המארח.

קבוצת וירוסים זו מבטאת חלבונים מבניים בנפרד מאלה שאינם מבניים. החלבונים המבניים מקודדים באזור 3 'של גנום ובאים לידי ביטוי ממכלול של mRNAs תת-גנומיים. נגיפים אלה מקודדים עיקרי אחד פרוטאינאז ובין אחד לשלושה חלבוני חלבון נלווים המעורבים בעיקר בביטוי שכפול גֵן. חלבוניזות אלה אחראיות גם להפעלה או השבתה של חלבונים ספציפיים בזמן הנכון במחזור החיים של הנגיף, ומבטיחים שכפול מתרחש בזמן הנכון.

חלבונים רבים זוהו בגנום של Nidovirales, אך תפקידם טרם נקבע. אנזימים אחרים העשויים להיות קיימים בגנום כוללים פפאין - כמו פרוטאזות, ADP-ribose / poly (ADP-ribose) -binding או ADP-ribose 1 "- פוספטאז פוספט פעילויות ו נוקלאוטיד מחזורי פוספודיאסטרז.

רוב ה- RNA התת-גנומי של נידו-וירוס מכיל רצף של מנהיג 5 'שמקורו בקצה 5' של ה- RNA הגנומי.

מסגרת המסגרות שמייצרת ORF העברת מסגרות 1b מתרחשת ב- a רצף 'חלקלק' של הפטנוקלאוטיד של UUUAAAC ממוקם במעלה הזרם של קודון העצירה ORF1a ו- RNA משוער פסאודוקנוט מִבְנֶה.

גנום

ניתן להבחין בין סדר נגיפים זה לבין נגיפי רנ"א אחרים על ידי קבוצה של שבעה תחומים שמורים - 5'-TM2-3CLpro-TM3-RdRp-Zm-HEL1-NendoU-3 "- כאשר השלושה הראשונים מקודדים ב- ORF1a והנותרים ארבע ב- ORF1b. תחומי TM2 ו- TM3 ותחומים טרנסממברניים; RdRp הוא ה- RNA פולימראז; Zm הוא תחום מחייב אשכול Zn הממוזג עם הליקייס (HEL1); 3CLpro הוא א פרוטאז דמוי 3C; ו- NendoU הוא uridylate אנדונוקלאז ספציפי. ל- 3CLpro יש קטליטי שֶׁלוֹ -Cys דיאדה, והוא ידוע גם בשם חלבון ראשי של SARS coronavirus (Mpro).

טקסונומיה

עץ הטקסונומיה של הסדר Nidovirales

הסדר Nidovirales ניתן לחלק לשניים לבושים תלוי בגודל הגנום: בעלי גנום גדול (26.3–31.7 קילו-בסיסים) שכלל את הגנום Coronaviridae ו Roniviridae (הנידו-וירוסים הגדולים) ואלה עם הגנום הקטן (הנידו-וירוסים הקטנים) - קלייד שכולל את הקשרים הרחוקים Arteriviridae (12.7-15.7 kb). הנידו-וירוסים הגדולים מקודדים שניהם 2'-O-מתילטרנספרז ו- 3'– 5 ' exoribonuclease (ExoN) - האחרון הוא יוצא דופן מאוד עבור נגיף RNA. הם גם מקודדים משפחה על 1 הליקייס, אנדונוקלאז ספציפי לאורידילט (אנזים ייחודי לניוירוסים) וכמה פרוטאזות.

תת הסדרים והמשפחות הבאים מוכרים (-virineae מציין סדרי משנה ו -viridae מציין משפחות):[5]

תוספות

הנגיף שיש בו את הגדולים הידועים ביותר RNA הגנום של 41.1 קילו-בתים, ה- וירוס תאי הפרשה פלנטריים (PSCNV), הוא של הסדר Nidovirales.[6] המארח שלה הוא פלנטרי תולעת שטוחה.[7]

ראה גם

הפניות

  1. ^ אוגנדו, נטאצ'ה ס.; פרון, פרנסואה; Decroly, אטיין; קנארד, ברונו; פוסטהומה, קלרה ג '; סנידר, אריק ג'יי (2019). "המקרה המוזר של אקסוריבונוקליאז של נגיף הנגיף: תפקידו בסינתזת ה- RNA ונאמנות ההעתקה". גבולות במיקרוביולוגיה. 10: 1813. דוי:10.3389 / fmicb.2019.01813. ISSN  1664-302X. PMC  6693484. PMID  31440227.
  2. ^ "הוועדה הבינלאומית לטקסונומיה של נגיפים (ICTV)". talk.ictvonline.org. הוחזר 2020-06-08.
  3. ^ קינג, אנדרו מ. ש .; אדמס, מייקל ג'יי. קרסטנס, אריק ב '; לפקוביץ, אליוט ג'יי, עורכים. (01/01/2012), "סדר - Nidovirales", טקסונומיית וירוסים, אלסבייה, עמ '784–794, ISBN  978-0-12-384684-6, אוחזר 2020-06-08
  4. ^ אנטואן א.פ דה פריס, מריאן סי הורזינק, פיטר ג'יי מ 'רוטייה, ראול ג'יי דה גרוט (1997). "ארגון הגנום של Nidovirales: קווי דמיון והבדלים בין Arteri-, Toro- ו- Coronaviruses". סמינרים בווירולוגיה. 8 (1): 33–47. CiteSeerX  10.1.1.462.1825. דוי:10.1006 / smvy.1997.0104. S2CID  85383257.CS1 maint: משתמש בפרמטר מחברים (קישור)
  5. ^ "טקסונומיית וירוסים: שחרור 2019". talk.ictvonline.org. הוועדה הבינלאומית לטקסונומיה של נגיפים. הוחזר 30 באפריל 2020.
  6. ^ "דפדפן טקסונומיה (Planidovirus 1)". www.ncbi.nlm.nih.gov. הוחזר 2020-06-08.
  7. ^ סאברי, אמיר; גולייבה, אנסטסיה א.; ברובאכר, ג'ון ל .; ניומרק, פיליפ א.; גורבלניה, אלכסנדר א '(2018-11-01). "נגיף נידו-פלניארי מרחיב את גבולות גודל הגנום של ה- RNA". פתוגנים של PLOS. 14 (11): e1007314. דוי:10.1371 / journal.ppat.1007314. ISSN  1553-7374. PMC  6211748. PMID  30383829.

קישורים חיצוניים